Nama Eng An Kiong menyimpan makna "istana keselamatan dalam keabadian Tuhan". Menurut cerita, pada tahun 1825 kelenteng ini dibangun atas prakarsa dari Liutenant Kwee Sam Hway. Gelar Liutenant yang diberikan kepada Kwee Sam Hway ini sebagai penanda bahwa pada masa tersebut sudah ada komunitas Tionghoa yang cukup besar. Yakni, dengan adanya seorang pejabat yang ditunjuk pemerintah Hindia Belanda sebagai pemimpin di komunitas tersebut.

Kwee Sam Hway sendiri dipercaya merupakan keturunan ketujuh dari seorang jenderal di masa ketika Dinasti Ming berkuasa di Tiongkok. Pada saat itu, keturunan sang jenderal penguasa tersebut ditekan oleh Dinasti Jing, sehingga akhirnya terpaksa melarikan diri ke Nusantara.

Dalam pembangunannya, kelenteng Eng An Kiong mengalami dua periode. Pembangunan tahap pertama dimulai dari ruangan tengah dan inti pada 1825. Kemudian, tahun 1895 dan 1934 menyusul bangunan lain di sekitarnya.

Klenteng Eng An Kiong yang terletak di Jalan R.E Martadinata ini, tidak hanya dimanfaatkan sebagai rumah ibadah semata. Kelenteng yang telah berusia ratusan tahun ini juga menjadi salah satu pusat kebudayaan Tionghoa di Malang, dengan berbagai perayaan serta pertunjukkan seni yang digelar, seperti barongsai dan wayang potehi. Kelenteng ini pun terbilang aktif dalam kegiatan sosial, seperti bhakti sosial dan sedekah bumi.